Der Stiftungsrat ist das oberste Organ der Pensionskasse. Für das Umsetzen der Stiftungsratsbeschlüsse ist die Geschäftsführung verantwortlich.

Der Stiftungsrat ist dafür verantwortlich, dass Gesetz und Reglement eingehalten werden. Zu seinen wichtigsten Aufgaben gehören die Definition der Leistungen und der Finanzierung, die Festlegung der Strategie für die Vermögensanlage, die Verabschiedung der Jahresrechnung sowie die Festlegung der Verzinsung der Kapitalien der aktiven Versicherten. Der Stiftungsrat besteht aus acht Mitgliedern und ist paritätisch aus je vier Arbeitgeber- und Arbeitnehmervertret der drei angeschlossenen Bayer Firmen zusammengesetzt.

Die Geschäftsführung ist für die Umsetzung der Stiftungsratsbeschlüsse, das Anwenden der Reglemente, das Einhalten der gesetzlichen Vorschriften, die operative Führung und vor allem auch für den Kontakt mit den Versicherten verantwortlich.